Isami, ban đầu lấy tên là Katsugorō, sinh tại Miyagawa Hisajirō[1], một gia đình nông dân ở Kami-Ishihara ở tỉnh Musashi, bây giờ là thành phố Chōfu ở Tây Tokyo.[2] Ông có hai người anh trai, Otojirō (音次郎-Âm Thứ Lang; sau đó lấy tên là Otogorō 音五郎-Âm Ngũ Lang) và Kumezō (粂蔵; sau lấy tên là Sōbei 惣兵衛-Tổng Binh Vệ)[3]. Katsugorō bắt đầu luyện tập kiếm thuật Shieikan (đạo trường chính của Tennen Rishin-ryū) năm 1848.[4]

Thời trẻ, người ta nói rằng ông là người ham đọc sách, đặc biệt là các câu truyện về 47 Ronin và Tam quốc diễn nghĩa.[5] Một điều đặc biệt là ông có thể cho toàn bộ nắm đấm của mình vào mồm và thường làm điều này để gây ấn tượng với mọi người.[6] Có tiếng là thông tuệ và nối tiếng về việc đã đánh tan một toàn cướp đột nhập vào nhà ông, ông đã thu hút sự chú ý của Kondō Shūsuke, trưởng môn đời thứ ba của Tennen Rishin-ryū.[7] Shūsuke không tốn công để nhận Katsugorō làm con nuôi năm 1849, với cái tên Shimazaki Katsuta (島崎勝太) (Đảo Khi Thắng Thái).[8] Theo thư tịch ghi lại thuộc sở hữu của đền thờ Gozu-ten'ōsha Shrine 牛頭天王社 (Ngưu Đầu Thiên Vương Xã) (bây giờ là đền Hino Yasaka-jinja 日野八坂神社, Nhật Dã Bát Phản Thần Xã), Katsuta được liệt kê, với tên thông thường và trạng trọng là Shimazaki Isami Fujiwara (no) Yoshitake (島崎勇藤原義武) (Đảo Khi Dũng Đằng Nguyên Nghĩa Võ), và do đó, có cái tên Isami (勇) (Dũng) vào năm 1858 khi ghi lại thư tịch này.[9]

Kondō gọi thanh đoản kiếm (katana) là "Kotetsu" (虎徹, Hổ Triệt), tác phẩm của một thợ rèn thế kỷ 17 tên là Nagasone Kotetsu. Tuy nhiên, tính xác thực về thanh Kotetsu vẫn còn đang bàn cãi. Theo cuốn sách mỏng Yasu Kizu về người thợ rèn Kotetsu, thanh kiếm của Kondō thực ra có thể được làm bởi Minamoto no Kiyomaro, một thợ rèn kiếm danh tiếng cùng thời với Kondō.[10]

Kondō và vợ ông, Otsune, kết hôn năm 1860.[11] Đây là một lợi thế cho Kondō; Otsune là con gái của Matsui Yasogorō (松井八十五郎) (Tùng Tỉnh Bát Thập Ngũ Lang), thuộc hạ của gia tộc Shimizu-Tokugawa.[12] Ngày 30 tháng 9 năm, 1861[13], Isami trở thành trưởng môn đời thứ tư (sōke no yondai me 宗家四代目, Tông Gia Tứ Đại Mục) của Tennen Rishin-ryū, lấy tên là Kondō Isami và đảm đương chức vụ Shieikan.[14] Một năm sau, con gái ông, Tamako (1862-1886) ra đời.[15] Cháu nội duy nhất của Kondō, Kondō Hisatarō, tử trận trong chiến tranh Nga-Nhật.[16]

Mặc dù không bao giờ được chính quyền Shogun sử dụng trước những năm tháng ở Shinsengumi, Kondō là ứng viên cho vị trí giảng dạy tại Kobusho năm 1862.[17] Kobusho là một trường huấn luyện quân sự, ban đầu là cho các thuộc hạ của Shogun, được chính quyền Shogun thành lập năm 1855 với mục đích đổi mới hệ thống quân đội sau sự kiện Những con tàu đen của đô đốc Perry bắn phá Tokyo.[18]